Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN diurus dan dikelola secara kolektif oleh beberapa Badan Pengurus yang terstruktur, sesuai dengan bidang tugasnya masing-masing. Badan-badan pengurus tersebut bekerja sesuai dengan prinsip-prinsip manajemen yang modern, efektif dan efisien tapi tetap berpijak pada bingkai visi dan misi dan landasan-landasan AL-AMIEN PRENDUAN. Secara hirarki organisatoris, kepengurusan tersebut bisa diuraikan sebagai berikut:
1. Badan Wakaf / Majlis Kiai (Majlis Riasah al-Ma’had)
Majlis Kiai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, yang menentukan arah kebijakan pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya dari 7 sampai 11 kiai sepuh, dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pengasuh (Rais) dan wakil pengasuh (naib rais) pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, sedangkan anggota-anggota Majlis Kiai berfungsi sebagai Direktur (mudir) di sentra-sentra pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santriwati sehari-hari, Majlis Kiai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari nyai-nyai sepuh, istri anggota Majlis Kiai.
2. Badan Pendamping Kiai (Majlis A’wan ar-Riasah)
Majlis A’wan adalah sebuah badan pengurus yang berfungsi sebagai pendamping Majlis Kiai dalam melaksanakan program pondok sehari-hari. Anggotanya terdiri dari 11 sampai 16 kiai-kiai muda atau ustadz-ustadz senior. Struktur organisasinya terdiri dari Ketua, wakil, sekretaris, bendahara, koordinator bidang (korbid) pendidikan, korbid dakwah, korbid kaderisasi sertakorbid dana dan sarana. Sekretaris dan Bendahara Majlis A’wa sekaligus berfungsi sebagai Sekretaris dan Bendahara Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN.
3. Yayasan AL-AMIEN PRENDUAN (Mu’assasah Ma’had al-Amien al-Islami Prenduan)
Yayasan ini berfungsi sebagai Pelaksana Harian seluruh program pondok yang telah digariskan. Pengurusnya terdiri dari 17 sampai 25 guru senior dan tokoh masyarakat dengan struktur organisasi sebagai berikut : Ketua, wakil ketua, sekretaris, bendahara, Kepala Biro (Karo) pendidikan, karo dakwah, karo kaderisasi dan karo dana sarana, karo pusat studi islam. Yayasan dibentuk oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Majlis Kiai pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN.
4. Lembaga-lembaga dan unit-unit usaha (Al-Ma’had wa Ulihdatul Amal)
Lembaga-lembaga dan unit-unit usaha ini sengaja didirikan untuk menunjang terlaksananya program-program pondok secara maksimal. Terdiri dari lembaga-lembaga pendidikan, lembaga-lembaga dakwah, lembaga-lembaga kaderisasi, lembaga-lembaga ekonomi (dana dan sarana) serta lembaga-lembaga penelitian. Seluruh lembaga dan unit usaha ini memiliki struktur sebagaimana lazimnya organisasi yang terdiri dari Ketua, wakil, sekretaris dan bendahara serta bagian-bagian tertentu yang sesuai dengan spesifikasi bidangnya. Pengurus lembaga-lembaga serta unit usaha terdiri dari guru-guru, santri senior dan profesional lainnya yang diperlukan.