Majlis Kiai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, yang menentukan arah kebijakan pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya dari 6 sampai 11 kiai sepuh, dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pimpinan (Rais) dan wakil pimpinan (naib rais) pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, sedangkan anggota-anggota Majlis Kiai berfungsi sebagai Pengasuh (murobbi) di sentra-sentra pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santriwati sehari-hari, Majlis Kiai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari nyai-nyai sepuh, istri anggota Majlis Kiai.
Saat ini struktur organisasi Dewan Riasah sebagai berikut :
- KH. Ahmad Muhammad Tidjani, M.A., Ph.D., sebagai Ketua sekaligus sebagai Pimpinan dan Pengasuh Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan
- KH. Dr. Ghozi Mubarok Idris, MA., sebagai Wakil- Ketua dan Wakil Pimpinan dan Pengasuh Ma’had TMI Al-Amien Prenduan
- KH. Muhammad Khoiri Husni, S.Pd.I sebagai Bendahara sekaligus Pengasuh Ma’had Tahfidh Al-Qura’an Al-Amien Prenduan
- KH. Ach. Fauzi Rasul, Lc., sebagai Anggota sekaligus Pengasuh Ma’had Salafy Al-Amien Prenduan
- KH. Moh. Fikri Husein, MA sebagai Anggota sekaligus Pengasuh Ma’had IDIA Prenduan
Sedangkan struktur dewan pengasuh putri sebagai berikut :
- Ny. Hj. Faryalah Rasyidi, sebagai sesepuh
- Ny. Hj. Dra. Anisah Fatimah Zarkasy, sebagai ketua
- Ny. Hj. Zahratul Wardah, BA, sebagai wakil ketua
- Ny. Hj. Nur Jalilah Dimyati, Lc, sebagai anggota
- Ny. Hj. Halimatussa’diyah A. Badar, sebagai anggota
- Ny. Hj. Mamnunah Abdur Rahim, sebagai anggota
- Ny. Hj. Kinanah Syubli, sebagai anggota
- Ny. Hj. Fadhliyah, sebagai anggota
Berikut adalah nama-nama anggota Majlis A’wan Riasah:
- Fadli Fatrah, S.Sos.I Sebagai Ketua Badan Pengawas Al-Amien Prenduan.
- KH. Abu Shiri Sholehuddin, Sebagai Koordinator Pusat IKBAL.
- Moh. Fikri Husein, MA. Sebagai Mudir Ma’had lil-Banat IDIA Prenduan.
- KH. Abdurrahman As’ad, sebagai Direktur Yayasan Rumah Sakit Islam Al-Amien Prenduan.
- Ach. Shobri Shiddiq, S.Pd.I, Sebagai Anggota Badan Pengawas.
- Mujammi’ Abdul Musyfi, Lc. Sebagai Koordinator Umum Ma’had IDIA Prenduan.
- Moh. Bakri Sholihin, S.Pd.I. Sebagai Ketua Yayasan Al-Amien Prenduan.
- K. Suyono Khottob, Sebagai Mudir Ma’had TMI Putri Al-Amien Prenduan.
- Abdul Warits, S.Pd.I. Sebagai Mudir Ma’had TMI Putra Al-Amien Prenduan.
- Bastami Tibyan, M.Pd.I. Sebagai Kepala Biro Dakwah.
- Syaifuddin Kudsi, MA. Sebagai Kepala MA Putri I Al-Amien Prenduan.
- Muhajiri Musyhab, Sebagai Pengasuh Pondok Al-Amien Tegal.
- Bagus Amirullah Kholiq, M.Sy. Sebagai Ketua Biro Administrasi Umum dan Keuangan IDIA Prenduan.
- Ridho Sudianto, M. Sy. Sebagai Wakil Rektor III IDIA Prenduan dan General Manager Travel Mutiara Alpen.
- KH. Muhtadi Abdul Mun’im, MA. Sebagai Rektor IDIA Prenduan.
- KH. Holilur Rohman, M.H.I. Sebagai Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IDIA Prenduan.
- A. Tijani Syadzili, Lc. Sebagai Mudir ‘Aam Ma’had TMI Al-Amien Prenduan.
- Junaidi Rosyidi, S.Pd.I Sebagai Mudir ‘Aam Ma’had Tahfidz Al-Qur’an Putri Al-Amien Prenduan..
- Nuruddin, M.Si. Sebagai Mudir Ma’had Tahfidz Al-Qur’an Putri Al-Amien Prenduan
- H. Hasbullah Bisri, S.Sos.I. Sebagai Mudir Ma’had Tahfidz Al-Qur’an Putra Al-Amien Prenduan.
- Abd. Wahid Al-Makki, M.H.I
- H. Mohammad Fattah Syamsuddin, MA. Sebagai Dekan Fakultas Dakwah IDIA Prenduan dan Direktur Pusdilam Al-Amien Prenduan.
- H. Fahmi Yunus, M.Ud, Sebagai Wakil Ketua Yayasan Al-Amien Prenduan.
- KH. Imam Zarkasyi Tidjani
- KH. Abdullah Muhammad Tidjani, sebagai Badan Penjamin Mutu TMI Al-Amien Prenduan