Struktur kelembagaan di TMI terdiri dari 3 unsur, yaitu Idarah Ammah, Idarah Ma’had dan Idarah Marhalah. Idarah Ammah berfungsi sebagai lembaga koordinatif yang mengkoordinir Idarah Ma’had Putra dan Putri. Sedangkan Idarah Ma’had sebagai lembaga koordinatif yang mengkoordinir idarah-idarah marhalah yang ada di bawahnya, yaitu Marhalah Syu’bah, Tsanawiyah, dan Aliyah sekaligus bertanggung jawab terhadap seluruh proses pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, baik di TMI Putra maupun di TMI Putri. Masing-masing idarah memiliki fungsi dan tugas yang saling terkait.
| Pengasuh Ma’had TMI | : KH. Moh. Zainullah Rois, Lc |
| Mudir ‘Aam TMI (Direktur) | : KH. Drs. Suyono Khattab |
| Sekretaris Umum | : Ust. Ainurrahman Abbasi, S.H.I |
| Bendahara Umum | : Ust. Ach. Rosul, S.Kom |
| Koord. Akademik | : Ust. Nurhasan Wahyudi, Lc |
| PO. Lajnah Nihaiyah | : Ust. H. Fahmi Fattah, S.Sos.I |
| Mudir Ma’had TMI Putra | : K. Abdul Warits, S.Pd.I |
| Mudir Ma’had TMI Putri | : K. Musleh Wahid, M.Pd |
| Mudir MTs TMI Putra | : Ust. Drs. Fahmi Yunus |
| Mudir MA TMI Putra | : Ust. Moh. Hamzah Arsa, M.Pd |
| Mudir MTs TMI Putri | : Ust. Moh. Suri Sudahri, S.Pd.I |
| Mudir MA TMI Putri | : Ust. Muhammad Suaidi Yusuf, MEI |