Yayasan ini berfungsi sebagai Pelaksana Harian seluruh program pondok yang telah digariskan. Pengurusnya terdiri dari 17 sampai 25 guru senior dan tokoh masyarakat dengan struktur organisasi sebagai berikut : Ketua, Wakil Ketua, Sekretaris, Bendahara, Kepala Biro (Karo) Pendidikan, Karo Dakwah, Karo Kaderisasi dan Karo Dana Sarana, Karo Pusat Studi Islam. Yayasan dibentuk oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Majlis Kiai pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN.
Yayasan AL-AMIEN PRENDUAN saat ini diketuai oleh KH. Bakri Sholihien, S.Pd.I. Dalam pelaksanaan kegiatan sehari-harinya setiap bagian dan biro membentuk struktur organisasi sendiri secara otonom dengan melibatkan guru-guru semi-senior dan junior.
Fungsionaris Yayasan Al-Amien Prenduan
Ketua: KH. Bakri Sholihien, Lc; Wakil Ketua: H. Fahmi Yunus, M.Ud.; Sekretaris: H. Lukman Hakim, Lc & Moh. Khuza’i, S.Fil.I; Bendahara: H. Abd. Mu’iz, M.Th.I; Kepala Biro Pendidikan dan Pembudayaan: H. Suhaimi Zuhri, S.Ag; Kepala Biro Dakwah dan Pengembangan Masyarakat: H. Fahmi Fattah, S.Sos.I; Kepala Biro Alumni dan Kaderisasi: H. Harun Ar-rasyid, S.Pd.I; Kepala Biro Ekonomi dan Sarana: H. Afandi Ahmad, Lc; Pusat Studi Islam: Dr. H. Fattah Syamsuddin.