Yayasan ini berfungsi sebagai Pelaksana Harian seluruh program pondok yang telah digariskan. Pengurusnya terdiri dari 17 sampai 25 guru senior dan tokoh masyarakat dengan struktur organisasi sebagai berikut : Ketua, wakil ketua, sekretaris, bendahara, Kepala Biro (Karo) pendidikan, karo dakwah, karo kaderisasi dan karo dana sarana, karo pusat studi islam. Yayasan dibentuk oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Majlis Kiai pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN.

Yayasan AL-AMIEN PRENDUAN saat ini diketuai oleh KH. Moh. Marzuki Ma’ruf, Dip.Lal dan KH. Abdurrahman As’as selaku wakil dengan struktur organisasi sebagai berikut :

Ketua Yayasan : KH. Moh. Marzuki Ma’ruf, Dip.Lal
Wakil Ketua : KH. Drs. Abdurrahman As’ad
Kepala Sekretariat : Ust. H. Slamet Fiddien, S.Sos.I
Bendahara : Ust. Subeki, S.Ag
Kepala Biro Pendidikan : Ust. H. Fahmi Fattah, S.Sos.I
Kepala Biiro Dakwah : Ust.Maliji Jalali, S.Sos.I
Kepala Biro Kaderisasi : Ust. Muslih Wahid, S.Pd.I
Kepala Biro Ekonomi & Sarana : Ust. Shofhal Jamil, S.Sos.I
Kepala PUSDILAM : Ust. Drs. Fahmi Yunus

Dalam pelaksanaan kegiatan sehari-harinya setiap bagian dan biro membentuk struktur organisasi sendiri secara otonom dengan melibatkan guru-guru semi-senior dan yunior.