Majlis Kiai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, yang menentukan arah kebijakan pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya dari 7 sampai 11 kiyai sepuh, dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pengasuh (Rais) dan wakil pengasuh (naib rais) pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, sedangkan anggota-anggota Majlis Kyai berfungsi sebagai Direktur (mudir) di sentra-sentra pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santriwati sehari-hari, Majlis Kyai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari nyai-nyai sepuh, istri anggota Majlis Kyai.

Saat ini struktur organisasi Dewan Riasah sebagai berikut :

1. KH. Muhammad Idris Jauhari (Ketua/pengasuh)
2. KH. Maktum Jauhari (Wakil ketua/wakil pengasuh)
3. KH. Moh. Khoiri Husni, S.Pd.I (Sekretaris)
4. KH. Zainullah Rais, Lc (Bendahara)
5. KH. Fauzi Rasul, Lc (Anggota)
6. KH. Bahri As’ad, S.Pd.I (Anggota)
7. KH. A. Fauzi Tidjani, MA (Anggota)

Sedangkan struktur dewan pengasuh putri sebagai berikut :

1. Ny. Dra. Hj. Anisah Fatimah Z (Ketua)
2. Ny. Hj. Zahratul Wardah, BA (Wakil)
3. Ny. Hj. Kinanah Syubli (Anggota)
4. Ny. Hj. Nur Jalilah Dimyati, Lc (Anggota)
5. Ny. Hj. Mamnunah Abdul Rahim (Anggota)
6. Ny. Hj. Halimatus Sa’diyah (Anggota)

Struktur Majlis A’wan Riasah :

1. KH. Moh. Fikri Husein, MA
2. KH. Moh. Marzuqi Ma’ruf, Dip.Lal
3. KH. Fadli Fatrah, S.Pd.I
4. KH. Drs. Abu Shiri Shalehuddin
5. KH. Drs. Saifurrahman Nawawi
6. KH. Abdullah Zaini, Lc
7. KH. Ridlo Sudiarto, M.Si
8. KH. Mujammi A. Musyfi, Lc
9. KH. Ach. Shobri Shiddiq, S.Pd.I
10. KH. Drs. Abdurrahman As’ad
11. KH. Ghozi Mubarok, M.Th.I
12. KH. Muhajiri Musybah
13. H. A. Taufiq Abd. Rahman
14. H. Muhtadi, Lc. MA
15. K. Bastomi Tibyan