Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN menyediakan dua jenis beasiswa. Beasiswa Prestasi dan Beasiswa Kader.

Beasiswa Prestasi adalah beasiswa yang diberikan kepada santri/santriwati berprestasi baik secara akademik maupun non-akademik. Beasiswa ini diberikan semesteran, sangat tergantung dari prestasi santri/santriwati tersebut.

Beasiswa Kader adalah beasiswa yang diberikan kepada santri/santriwati yang menjadi kader bagi sebuah lembaga pendidikan. Para kader ini nantinya akan kembali ke lembaga pendidikan tersebut setelah menyelesaikan pendidikan di AL-AMEIN PRENDUAN. Untuk mendapatkan beasiswa kader ini, santri/santriwati harus diserahkan secara khusus oleh pimpinan lembaga tersebut kepada Biro Alumni dan Kaderisasi Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN. Beasiswa ini diberikan selama yang bersangkutan masih menjadi kader lembaganya.