Majlis Kiai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, yang menentukan arah kebijakan pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya dari 7 sampai 11 kiai sepuh, dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pengasuh (Rais) dan wakil pengasuh (naib rais) pondok pesantren AL-AMIEN PRENDUAN, sedangkan anggota-anggota Majlis Kiai berfungsi sebagai Direktur (mudir) di sentra-sentra pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santriwati sehari-hari, Majlis Kiai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari nyai-nyai sepuh, istri anggota Majlis Kiai.
Saat ini struktur organisasi Dewan Riasah sebagai berikut :
- KH. Maktum Jauhari, MA., sebagai Ketua sekaligus sebagai Pengasuh dan Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan
- KH. Dr. Ahmad Fauzi Tidjani, MA., sebagai wakil ketua dan wakil pengasuh/Pimpinan sekaligus Rektor IDIA Prenduan
- KH. Moh. Zainullah Rois, Lc, sebagai Sekretaris sekaligus Pengasuh TMI Al-Amien Prenduan
- KH. Muhammad Khoiri Husni, S.Pd.I sebagai Bendahara sekaligus Pengaush MTA Al-Amien Prenduan
- KH. Ach. Fauzi Rasul, Lc., sebagai Anggota sekaligus Pengasuh Pondok Salafiyah Al-Amien Prenduan
- KH. Moh. Bahri As’ad, S.Pd.I sebagai Anggota sekaligus Pengasuh Pondok Putri I Al-Amien Prenduan
- KH. Ghozi Mubarok, MA., sebagai Anggota
Sedangkan struktur dewan pengasuh putri sebagai berikut :
- Ny. Hj. Faizah Abdul Khaliq, sebagai sesepuh
- Ny. Hj. Faryalah Rasyidi, sebagai sesepuh
- Ny. Hj. Dra. Anisah Fatimah Zarkasy, sebagai ketua
- Ny. Hj. Zahratul Wardah, BA, sebagai wakil ketua
- Ny. Hj. Nur Jalilah Dimyati, Lc, sebagai anggota
- Ny. Hj. Halimatussa’diyah A. Badar, sebagai anggota
- Ny. Hj. Mamnunah Abdur Rahim, sebagai anggota
- Ny. Hj. Kinanah Syubli, sebagai anggota
- Ny. Hj. Fadhliyah, sebagai anggota
Struktur Majlis A’wan Riasah :
- KH. Moh Marzuqi Ma’ruf, sebagai ketua Yayasan Al-Amien Prenduan.
- Drs. KH. Saifurrahman Nawawi, sebagai Konsultan Sekretariat Yayasan Al-Amien Prenduan.
- KH. Fadli Fatrah, S.Sos.I, sebagai Ketua Badang Pengawas.
- KH. Drs. Abu Shiri Sholehuddin, sebagai wakil ketua BPKK
- KH. Moh. Fikri Husein, MA, sebagai Mudir Ma’had IDIA Putri
- Drs. KH. Ja’far Shoddiq, MM., sebagai Koordinator Harian (KOHAR).
- KH. Saifuddin Qudsi, SHI, MA., sebagai Kepala Madrasah Aliyah Putri I Al-Amien Prenduan
- KH. Muhajiri Musyhab, sebagai Dewan Pengasuh Pondok Tegal Al-Amien Prenduan
- K. Abdul Wahid, MHI., sebagai Dewan Pengasuh Pondok Tegal Al-Amien Prenduan
- KH. Muh. Ridho MA., sebagai Dewan Pengasuh Pondok Tegal
- KH. Ach. Sobri Shiddiq,S.Pd.I., sebagai Naib Mudir Ma’had Tegal Al-Amien Prenduan
- KH. Halimi Sufyan, S.Pd.I, sebagai Wakil Pengasuh Pondok Putri I
- KH. Umarul Faruq, Lc., sebagai Ketua Biro Pendidikan
- Drs. K. Suyono Khottob, sebagai Mudir Aam TMI
- K. Abdul Warits, sebagai Mudir Ma’had TMI Putra
- KH. Abdullah Zaini, MTH., sebagai Mudir Ma’had MTA Putri
- KH. Basthomi Tibyan, S.Pd.I., sebagai Mudir Ma’had Salafiyah Al-Amien III
- KH. Drs. Abdurrahman As’ad, sebagai Ketua Yayasan RSI Al-Amien Prenduan.
- K. Abdul Qodir Jaelani, M.Pd.I, sebagai Mudir Ma’had IDIA Putra
- K. Bagus Amirullah M.Sy. sebagai Wakil Ketua BPKK.
- KH. Muhtadi Abd. Mun’im, MA., sebagai Mudir Ma’had MTA Pa
- KH. Mujammi’ Abdul Musyfi, sebagai BAK IDIA.