Al-Amien Prenduan bergerak dalam bidang pendidikan, dakwah, kaderisasi dan ekonomi, sekaligus pula menjadi pusat studi Islam. Al-Amien Prenduan mengembangkan sistem-sistem yang inovatif dan modern, tapi tetap berakar pada budaya as-Salaf as-Sholeh. Al-Amien Prenduan selalu independen dan netral, tidak berafiliasi kepada salah satu golongan atau partai politik apapun. Seluruh aset dan kekayaan diwakafkan kepada umat dan dikelola secara kolektif oleh sebuah Badan Wakaf yang disebut Majlis Kiai.

Al-Amien Prenduan berada di desa Prenduan, kecamatan Pragaan kabupaten Sumenep. Terletak di pinggiran jalan poros propinsi yang menguhubungkan Kabupaten Pamekasan dan Sumenep. Desa Prenduan merupakan desa di pesisir selatan pulau madura, kurang lebih 30 km sebelah barat kota Sumenep dan 22 km sebelah timur kota Pamekasan. Saat ini Al-Amien Prenduan menempati lahan seluas 25 ha yang terletak di beberapa lokasi di desa Pragaan Laok dan desa Prenduan.